通过联络站或其他途径购买的战舰会自动编入当前进入联络站的舰队编队中。玩家无需手动操作分配，系统会默认将新获得的舰船加入现有编队。若需要查看或调整，可通过基地界面中的舰队管理功能召回编队，新购舰船会与其他舰船一并显示在编队列表中。这种设计简化了操作流程，但要求玩家定期检查编队配置以确保战术合理性。
战舰的实际存放位置与舰队部署状态直接相关。当舰队处于基地停泊状态时，所有舰船会统一显示在基地港口内；若舰队已派遣至计划圈或执行任务，则舰船会分散在对应坐标点。需购买后的舰船若未及时编入作战序列，可能因存储容量限制导致无法正常使用。因此建议优先升级基地仓储设施，避免因空间不足影响舰队整备效率。
舰船仓储系统的置换功能可对已购舰船进行位置调整。通过舰队管理界面选择强化选项，玩家能够将新获得的舰船与现有编队成员自由替换，这种操作不会消耗额外资源但受指挥值上限限制。对于高价值舰船，建议优先部署在主力舰队而非备战舰队，以确保其参与主要战斗获取经验值。特殊功能舰如维修船或载机舰应单独编组以发挥特定作用。
地形因素会影响舰船的实际存放规则。小行星稀疏区仅允许护卫舰、驱逐舰及中小型工程舰进入，而高能辐射区则限定巡洋舰及以上大型舰船活动。购买舰船前需考虑目标区域限制，避免出现舰船无法部署的情况。通过前哨站对接功能可扩展临时存放点，但需注意前哨站本身不具备维修与升级能力。
建议将战斗舰船与工程舰船分开存放，前者配置于前线哨所便于快速响应，后者集中于资源点提升采集效率。大型舰船如航母战巡应保持常驻基地以便维修，高速护卫舰则可分散部署作为机动力量。定期清理战损舰船并补充新购单位是维持战斗力的必要措施。
