叛军在少年三国志中是一种特殊的敌对势力，会随机出现在主线副本中，玩家击败后可获得银币、装备碎片等奖励。叛军出现具有时间规律性，通常在下午13:00-13:30和晚上19:00-19:30这两个时段会集中刷新。叛军战斗会消耗征讨令，该道具每小时恢复1个，上限为10个，在特定时段消耗减半或功勋翻倍。
叛军敌人具有等级成长机制，随着玩家角色等级提升，其战斗力会同步增强。不同叛军单位的属性存在明显差异，部分擅长物理防御，有些则具备高法术抗性。叛军阵容通常包含前排坦克型单位和后排输出型单位，部分特殊叛军会召唤援军加入战斗。面对高防御叛军时，法术攻击型武将往往能发挥更好效果；而高法术抗性的叛军则更适合用物理输出武将应对。
叛军战斗采用回合制机制，玩家需要合理安排六名武将的站位和出手顺序。一号位建议放置提供增益效果的辅助武将，如吕蒙、张辽等；二号位推荐配置主力输出武将。全体攻击型技能对叛军效果显著，其次是横排攻击和随机攻击技能。武将突破等级直接影响攻击倍率加成，高品质装备和特定战马如赤紫、白鹤能显著提升战斗效率。
针对叛军弱点，玩家应优先培养攻击型将灵，虽然防御型将灵能快速提升战力，但攻击成长对叛军战斗效率提升更显著。宠物选择方面，猴子、火神、饕餮等攻击型宠物较为适用。联盟协作能有效提高叛军讨伐效率，成员间可以共享击杀奖励并获得额外增益。在双倍奖励活动期间集中资源攻打叛军，能最大化收益产出。
叛军任务作为游戏特色玩法，其奖励机制包含基础资源和排行榜奖励。击败叛军可获得功勋值，累计达到指定数值可领取阶段性奖励。最后一击和发现叛军的玩家能获得额外元宝奖励。每日功勋排行榜根据单次伤害和总功勋进行排名，前200名可获得战功用于商店兑换。合理利用这些机制能加速资源积累和角色成长。
